Chiclayo no fue una ciudad fundada por españoles. Su historia comienza miles de años antes de la llegada de los conquistadores. Se constituyó como reducción de indígenas, puesto que los intereses de los españoles estaban en Zaña y Lambayeque. La ciudad comenzó siendo un villorrio de descanso, principalmente habitado por indígenas y que servía como ruta de comercio.
Sin embargo, su utilidad como punto de descanso antes de llegar al mar o de paso hacia Zaña quedó patentado con la visita de Francisco Pizarro. El primer conquistador del Perú pasó por la villa en camino a Cajamarca a su encuentro con Atahualpa. Hacia 1585, el virrey Francisco de Toledo ordenó a los indios donar unas tierras para edificar un convento. Así nace esta iglesia matriz dedicada a la advocación de Santa María de la Concepción. La real cédula data del 17 de septiembre de 1585.
Cuando comenzó la lucha por la independencia, Chiclayo no permaneció indiferente. Varios hombres prominentes de la ciudad, como José Leonardo Ortiz o Pascual Saco Oliveros, reunieron soldados, caballos, armas y dinero a la causa republicana. Las provisiones se enviaron al general José de San Martín. La ciudad no tenía un gran protagonismo ni destacaba más que Lambayeque, pero el heroísmo de sus habitantes le confirieron un papel protagónico.
Además, su posición privilegiada como punto de enlace la convirtió en una plaza militar. Pasó de ser un villorrio a ser nombrada villa y luego ciudad, obteniendo el título de heroica. Nombrada capital de la provincia de Chiclayo, seguía estando subordinada a Lambayeque.
La ciudad de Chiclayo fue invadida en dos oportunidades por el ejército de Chile durante la guerra del Pacífico. La primera avanzada austral llegó por Etén y prácticamente arrasó con esa población y con Monsefú. Tal fue la fiereza y el pillaje de los invasores, que mucha gente tuvo que huir a otros lugares, si pudieron sobrevivir. Pese a que los chilenos habían anunciado que no tocarían el comercio privado, en las dos veces que entraron a Chiclayo arrasaron con todo.
Una noticia quedó entonces registrada en la prensa chilena. Un cargamento completo de botín de guerra robado en Lambayeque llegó a ese país, incluyendo ocho cajones de prendas y metales preciosos. Pese a la actitud de las tropas chilenas, los chiclayanos resistieron bravíamente, lo que originó que se construyera una cripta de los héroes lambayecanos de la guerra en el cementerio principal de la ciudad.
La llegada del automóvil y el desarrollo de las actividades agrícolas motivó a la construcción de dos muelles modernos en Puerto Etén y en Pimentel. Así Chiclayo se convirtió en almacén y punto de paso de infinitas mercancías agrícolas, como el algodón. Este florecimiento y el ferrocarril que operó hasta aproximadamente 1960, hicieron que muchísimas personas de la sierra bajaran a buscar mejores oportunidades en Trujillo y en esta ciudad.
A partir de 1960 la ciudad entró en una especie de estancamiento. Sin embargo, siguió creciendo por la gran cantidad de desplazados internos, muchos de los cuales huían de la actividad terrorista en las altas zonas de montaña. También sirvió como punto de paso porque, limitadas las plazas laborales, incluso los chiclayanos emigraron hacia Lima. Lo que la ciudad siempre ha conservado es su identidad a prueba de fuego.
El desarrollo de los sistemas de irrigación y la construcción del reservorio nacional de Tinajones hizo que Chiclayo siguiera creciendo. Es hoy un importante centro comercial y financiero del norte del país, siendo la segunda ciudad más poblada del norte después de Trujillo. Hay bancos, centros comerciales, hoteles, restaurantes, tiendas de todo género, industrias y comercio de apoyo a las actividades agrícolas.
Desde las zonas altas llegan todos los días a Chiclayo toneladas de productos tales como papa, choclo, maíz, olluco y otros. Además, la industria pesquera de las caletas de San José, Santa Rosa y Puerto Etén, genera miles de puestos de trabajo y los productos del mar se distribuyen a todo el país.
En 1956 se inauguró el aeropuerto internacional y hoy está densamente comunicada por vía aérea y terrestre con Lima y todo el país. Chiclayo sirve también como vía de salida de los pueblos de la zona sur de Cajamarca, que tienen una comunicación más rápida con Lambayeque que con la propia capital del departamento. La ciudad continúa su crecimiento sin límites, tanto al norte como al sur, en una extensa planicie apenas limitada por las poblaciones cercanas como Reque, Monsefú, Ferreñafe y Lambayeque.
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